Structure of PDB 3p4g Chain A

Receptor sequence

>3p4gA (length=301) Species: 178399 (Marinomonas primoryensis)

HSFDHYIGSAFDASNNNVAVTGNVSATLNVLAGDDKVSIDGNVEDVLVAA
NVAVLDMGTGNDQLYVAGDVLGKIDAGTGNDEIYIKGDVSAAVDAGTGND
EVYIGGNLSGDLDAGTDNDNIQIGGDVNAALNAGTGNDNLIIGHDVSGIV
NMGTDNDTVEVGRTINASGKVLLDTGDDSLLVSGDLFGEVDGGTGNDTII
IAGKVSGNIQGGTGNDIVRVQSQVWAEANISLGTGDDVLIVEHELHGTVA
GNEGDDSIYLKFYTKEQYNNNSDLRNRVANFEHIRVSDGVVKGSPADFAD
Y

3D structure

• PDB: 3p4g Anchored clathrate waters bind antifreeze proteins to ice.
• Chain: A
• Resolution: 1.7 Å

Interaction with ligand

Site #	Ligand	Ligand chain	Binding residues on receptor (original residue number in PDB)	Binding residues on receptor (residue number reindexed from 1)	Binding affinity
BS01	CA	A	D34 A35 S36 N38 V52 A54 D57	D12 A13 S14 N16 V30 A32 D35
BS02	CA	A	L53 A54 G55 D57 M79 G80 T81 D84	L31 A32 G33 D35 M57 G58 T59 D62
BS03	CA	A	G80 G82 D84 A98 G99 T100 D103	G58 G60 D62 A76 G77 T78 D81
BS04	CA	A	G99 T100 G101 D103 A117 G118 T119 D122	G77 T78 G79 D81 A95 G96 T97 D100
BS05	CA	A	G118 T119 G120 D122 A136 G137 T138 D141	G96 T97 G98 D100 A114 G115 T116 D119
BS06	CA	A	G137 T138 D139 D141 A155 G156 T157 D160	G115 T116 D117 D119 A133 G134 T135 D138
BS07	CA	A	G156 T157 G158 D160 M174 G175 T176 D179	G134 T135 G136 D138 M152 G153 T154 D157
BS08	CA	A	G175 T176 D177 D179 L195 D196 T197 D200	G153 T154 D155 D157 L173 D174 T175 D178
BS09	CA	A	D196 G198 D200 G214 G215 T216 D219	D174 G176 D178 G192 G193 T194 D197
BS10	CA	A	G215 T216 G217 D219 G233 G234 T235 D238	G193 T194 G195 D197 G211 G212 T213 D216
BS11	CA	A	G234 T235 G236 D238 L254 G255 T256 D259	G212 T213 G214 D216 L232 G233 T234 D237
BS12	CA	A	G255 T256 G257 D259 G273 N274 E275 D278	G233 T234 G235 D237 G251 N252 E253 D256
BS13	CA	A	N274 G276 D278 E304	N252 G254 D256 E282

External links

• PDB: RCSB:3p4g, PDBe:3p4g, PDBj:3p4g
• PDBsum: 3p4g
• PubMed: 21482800
• UniProt: A1YIY3