Structure of PDB 1yo8 Chain A

Receptor sequence
>1yo8A (length=621) Species: 9606 (Homo sapiens) [Search protein sequence]
DGCLSNPCFPGAQCSSFPDGSWSCGFCPVGFLGNGTHCEDLDECALVPDI
CFSTSKVPRCVNTQPGFHCLPCPPRYRGNQPVGVGLEAAKTEKQVCEPEN
PCKDKTHNCHKHAECIYLGHFSDPMYKCECQTGYAGDGLICGEDSDLDGW
PNLNLVCATNATYHCIKDNCPHLPNSGQEDFDKDGIGDACDDDDDNDGVT
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VDIDGDDVFNERDNCPYVYNTDQRDTDGDGVGDHCDNCPLVHNPDQTDVD
NDLVGDQCDNNEDIDDDGHQNNQDNCPYISNANQADHDRDGQGDACDPDD
DNDGVPDDRDNCRLVFNPDQEDLDGDGRGDICKDDFDNDNIPDIDDVCPE
NNAISETDFRNFQMVPLDPKGTTQIDPNWVIRHQGKELVQTANSDPGIAV
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NIGWKDYTAYRWHLTHRPKTGYIRVLVHEGKQVMADSGPIYDQTYAGGRL
GLFVFSQEMVYFSDLKYECRD
3D structure
PDB1yo8 Structure of the calcium-rich signature domain of human thrombospondin-2
ChainA
Resolution2.6 Å
3D
structure
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Enzymatic activity
Enzyme Commision number ?
Interaction with ligand
Site
#		 Ligand Ligand
chain		 Binding residues on receptor
(original residue number in PDB)		 Binding residues on receptor
(residue number reindexed from 1)		 Binding affinity
BS01 CA A D937 D939 D946 C948 N951 I954 S955 D387 D389 D396 C398 N401 I404 S405
BS02 CA A D935 D937 D939 I941 D946 D385 D387 D389 I391 D396
BS03 CA A D922 D924 D926 R928 D930 D372 D374 D376 R378 D380
BS04 CA A D899 D901 D903 V905 D910 D349 D351 D353 V355 D360
BS05 CA A D901 D903 D910 C912 V915 N917 D351 D353 D360 C362 V365 N367
BS06 CA A D888 D890 D897 D899 N902 D338 D340 D347 D349 N352
BS07 CA A D886 D888 D890 Q892 D897 D336 D338 D340 Q342 D347
BS08 CA A D894 D897 D900 D907 D344 D347 D350 D357
BS09 CA A D865 D867 D874 C876 I879 S880 N881 D315 D317 D324 C326 I329 S330 N331
BS10 CA A D863 D865 D867 H869 D874 D313 D315 D317 H319 D324
BS11 CA A D850 D852 D859 N861 D300 D302 D309 N311
BS12 CA A D848 D850 D852 V854 D859 D298 D300 D302 V304 D309
BS13 CA A N993 D1021 D1023 S1156 N443 D471 D473 S606
BS14 CA A D1019 D1021 Q1044 D1106 D469 D471 Q494 D556
BS15 CA A D1021 D1022 D1023 Q1047 D471 D472 D473 Q497
BS16 CA A D789 D791 N793 E795 D239 D241 N243 E245
BS17 CA A D827 D829 D836 C838 V841 H842 N843 D277 D279 D286 C288 V291 H292 N293
BS18 CA A D825 D827 D829 V831 D836 D275 D277 D279 V281 D286
BS19 CA A D804 D806 D813 C815 V818 Y819 N820 D254 D256 D263 C265 V268 Y269 N270
BS20 CA A D802 D804 D806 V808 D813 D252 D254 D256 V258 D263
BS21 CA A D768 D770 D777 C779 V782 N784 D218 D220 D227 C229 V232 N234
BS22 CA A D766 D768 D770 V772 D777 D216 D218 D220 V222 D227
BS23 CA A D745 D747 D754 C756 L759 N761 D195 D197 D204 C206 L209 N211
BS24 CA A D743 D745 D747 V749 D754 D193 D195 D197 V199 D204
BS25 CA A D730 D732 D734 I736 D741 D180 D182 D184 I186 D191
BS26 CA A D732 D734 D741 D743 N746 D182 D184 D191 D193 N196
BS27 CA A D738 D741 D744 D751 D188 D191 D194 D201
BS28 CA A D694 D696 D698 W700 D718 D144 D146 D148 W150 D168
BS29 CA A D696 D698 D718 C720 L723 P724 N725 D146 D148 D168 C170 L173 P174 N175
BS30 CA A D590 L591 E593 N612 T613 G616 D40 L41 E43 N62 T63 G66
Gene Ontology
Molecular Function
GO:0005509 calcium ion binding
Biological Process
GO:0007155 cell adhesion
Cellular Component
GO:0005576 extracellular region

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External links
PDB RCSB:1yo8, PDBe:1yo8, PDBj:1yo8
PDBsum1yo8
PubMed16186819
UniProtP35442|TSP2_HUMAN Thrombospondin-2 (Gene Name=THBS2)

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